根據初步臨床診斷和待測細菌的類型，可以選擇不同的環境條件在細菌恒溫恒濕培養箱中進行培養。通常使用有氧培養，二氧化碳培養和厭氧培養。為了提高測試的準確性，經常同時使用兩種或三種不同的培養方法。
一、有氧培養是臨床細菌室常用的培養方法，適合一般有氧和兼性厭氧菌的培養。將接種的平板，斜面和液體培養基在35℃培養箱中培養18-24h。一般細菌可以在培養基上生長，但是一些難以生長的細菌需要培養更長的時間。另外，有些細菌可以在28℃?30℃下生長，例如鼠疫耶爾森氏菌，甚至在4℃時也可以生長，例如李斯特菌。
二、在二氧化碳培養法中，必須將某些細菌恒溫恒濕培養箱中的細菌*置于5％-10％CO2環境中才能生長良好，例如腦膜炎奈瑟氏菌，淋病奈瑟氏菌，牛布魯氏菌等。通常以以下方式提供。
1.二氧化碳培養箱：可調節二氧化碳含量和所需溫度。CO2從鋼瓶通過培養箱的CO2，通過輸送管進入培養箱，調節所需的CO2，并在濃度自動控制器后將接種的培養基直接放入培養箱進行培養。
2.蠟燭罐方法：將接種的培養基放入干燥器中，然后將蠟燭放入其中。干燥器蓋的邊緣涂有凡士林。幾分鐘后，蠟燭燈熄滅了。此時，干燥器中的CO2含量為約5％?10％。然后將干燥機放入35℃的培養箱中進行培養。培養時間通常為18-24小時，并且一些菌株需要培養3-7天或更長時間。
3.化學方法：按每升的體積向容器中加入0.49ml碳酸氫鈉和0.35ml濃鹽酸。將容器和接種的培養基放入干燥機中，關閉干燥機的蓋子，傾斜容器使濃鹽酸與碳酸氫鈉接觸形成CO2。
三、厭氧培養法。它適合在細菌恒溫恒濕培養箱中培養特定的厭氧菌和兼性厭氧菌。常用的厭氧培養方法如下：
方法：泡罩介質法；焦沒食子酸法;厭氧罐法氣囊法厭氧培養箱法。
